微耕机空气滤清器的底部油盘中，一定要加适量的机油。机油的作用是吸附吸进空气中的灰尘等杂质，避免发动机工作期间吸进异物，造成排气门密封垫和活塞环等部件磨损严重。空气滤清器内均设有海绵滤芯或金属网滤芯，当微耕机在空气混浊的田间长时间工作时，一定要及时、高频率清洗滤芯。恶劣环境下一天一清。当微耕机闲置不用时，建议将空气滤清器滤芯拆下并用密封袋封装，避免下次使用时有灰尘杂物等。
操作系保养主要包括三个方面，变速手柄、转向把手、离合器操纵手柄，需要保持这三项操作的灵活度。此外也要经常检查离合器分离装置，使其保持正常，否则将影响使用安全。作业前应检查各紧固部位紧固情况，油水是否达到要求，各操作手柄是否灵活，在确认无误后方可作业。作业后要除外部泥土、杂草等赃物污染，机器应保管在干燥的地方，各作业机具进行防锈处理，做好与主机同处保管，以免丢失。
在微耕机正常启动后，操作人需要抓住离合器手柄以使离合器自动处于结合状态。这时将离合器的手柄挂上低速档位，再慢慢将手松开以使离合器自动处于分离状态，与此同时缓缓加油，这样就能使微耕机起步。在操作人需要进档时，只要握住离合器的手柄把档位杆往上提,并缓缓加油，就能使微耕机加速前进;在需要减档时，只需要将档位杆往下压并缓缓松开手,同时也要缓缓加油，这样就能使微耕机速度减慢。